מסנן שקיות ומסנן מחסניות הוכחו כיעילים ביותר ביישומים הבאים בשל טיפול קל וחסכוני בהשוואה למערכות מסורתיות אחרות כמו מכבש מסנן ומערכת ניקוי עצמית.